Само собой, что надо что-то с этим делать, раз животные болеть стали. Это ещё хорошо, что выздоравливают, значит не заносятся пока более серьёзные вирусы. Может просто на входе бахилы раздавать посетителям?

Бахилы от бактерий не избавят. Вам бы переселить животных в какое-то другое место временно и сделать очистку вашего зоопарка. Хорошо там всё обработать и продезинфицировать сперва. А вот потом уже можно будет взять антибактериальные коврики Дезбарьер, например, тут: https://www.dezkovrik.ru/dezkovriki-i-antibakterialnye-kovriki. Вот они и будут минимизировать занесение вредных микроорганизмов в ваш зоопарк.

Я бы ещё раскидал и антибактериальные маты где-то при въезде на территорию. Потому что всякая гадость ещё и завозится на колёсах автомобилей. Бог знает по каким местам они катаются.